Zum Inhalt:

SEELE, die internationale Geheimorganisation, die mit ihrem "Human Complementation Project" die menschliche Rasse verbessern will, hat all ihre Kräfte zusammengezogen. Die Invasion von Central Dogma hat begonnen. Um die EVA-Piloten vor der Auslöschung zu bewahren, wird Asuka in der Unit-02 gestartet. Major Misato (NERV) versucht ohne Erfolg Shinji zu überreden, am Kampf teilzunehmen, und somit muß es Asuka allein mit den neun EVA-Prototypen von SEELE aufnehmen. Ikari Gendo (NERV) setzt alles daran, sein "Human Complementation Program" zu starten, bevor SEELE die Oberhand gewinnt. Alte Zwistigkeiten wurden beigelegt und erstaunliche Entdeckungen werden gemacht, während für die Menschheit der Tag des jüngsten Gerichts unerbittlich näherrückt. Jedoch liegt das endgültige Schicksal der Menschheit weder in SEELEs noch in Gendos Händen, sondern einzig und allein in Shinji Ikaris zartem Geist.